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Ne troviamo traccia in una bolla di Urbano II alla fine dell ’XI secolo, mentre il titolo di S. Nicolao Praefecti viene riportato nel 1192 nel catalogo di Cencio Savelli. Nel 1567 Pio V la concesse ai Padri Domenicani di S. Sabina. La facciata fu ricostruita nel 1674 e la chiesa riedificata nel 1729. La facciata presenta un solo ordine. Al centro apre un portaletto con ai lati tre finestre. L’interno, a navata unica, presenta una copertura a botte affrescata da Giacomo Triga nel XVIII secolo. Sull’altare maggiore si può ammirare la "Mater Misericordiae", l’immagine miracolosa che, secondo la leggenda, avrebbe mosso gli occhi nel 1796.