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La chiesa fu edificata nella zona in cui sorgeva l’antico teatro di Pompeo nell’XI secolo e consacrata nel 1306. Clemente VIII la assegnò nel 1601 all’Università dei Librai che al titolo di S. Barbara unirono quello di S. Tommaso d’Aquino, patrono dei librai. Nel 1680 la chiesa fu ricostruita in forme barocche ma dopo il 1870, scioltasi la Confraternita, fu abbandonata e sconsacrata.

Tra il 1990 e il 1993 è stata sottoposta ad importanti lavori di restauro. Sulla facciata apre un portale inquadrato da colonne. La parte superiore presenta un oculo tondo sovrastato dalla statua della Santa inserita in una nicchia. L’interno è a una sola navata con cappelle laterali.Sopra la porta d’ingresso si trova un organo del ‘600 di notevole valore. Nella chiesa è conservato un crocifisso ligneo trecentesco e un trittico, "Madonna con Bambino e i Santi Michele arcangelo e Giovanni Battista", del 1453.